مسئله غیبت امام زمان (عج) را می توان از رازهای غیبی خدا دانست كه آگاهی بر حقیقت و اسرار آن فراتر از توان و ظرفیت فكر بشری است، ولی با استناد به براهین عقلی و نقلی می دانیم كه همه افعال الهی مشتمل بر حكمت ها و مصالحی است كه تضمین كننده سعادت بشری می باشند، هر چند علم و آگاهی بشر از درك كامل آن ناتوان باشد.

بنابراین، پس از اثبات حكمت و عدل خداوند، و لزوم وجود امام و عصمت او، در مسئله غیبت با مشكلی مواجه نخواهیم شد؛ زیرا علم اجمالی به این كه این كار، حكیمانه و عالمانه بوده، و در برگیرنده مصلحت عمومی بشر است، برای اعتقاد به آن كافی است.
مطلب فوق مضمون روایتی است كه مرحوم صدوق از امام صادق علیه السلام روایت كرده است. عبدالله بن فضل هاشمی می گوید: از امام صادق علیه السلام شنیدم كه فرمود: «برای صاحب این امر، غیبتی مقرر شده است كه باید به آن عمل كنند، و در زمان غیبت او اهل باطل دچار شك و تردید می شوند؟»

به امام علیه السلام عرض كردم گفتم: فدایت شوم! این غیبت برای چیست؟  امام علیه السلام پاسخ داد: برای امری است كه ما مأذون به كشف آن نیستیم. گفتم: پس وجه حكمت الهی در غیبت او چیست؟
 امام علیه السلام فرمود: «وجه حكمت آن، جز پس از ظهور او آشكار نخواهد شد، چنانكه وجه حكمت سوراخ كردن كشتی، و كشتن جوان، و ساختن دیوار توسط خضر علیه السلام، برای موسی علیه السلام روشن نشد، مگر هنگام مفارقت آن دو از یكدیگر. ای فرزند فضل! این امر، امری الهی، و سری خدایی و غیبی از غیوب خداوند است. هرگاه ما دانستیم كه خداوند عزوجل حكیم است، تصدیق می كنیم كه همه افعال او حكیمانه است، هر چند وجه حكمت آن ها برایمان روشن نگردد». (علل الشرایع، باب 179، علة الغیبة، حدیث 8)
مسئله غیبت در تاریخ امت های پیشین

در تاریخ پیامبران الهی مواردی یافت می شود كه پیامبر خدا به دلایلی از میان امت و قوم خود غایب شده است، و این مطلب یكی از وجوهی است كه در توجیه غیبت امام زمان بیان شده است، چنانكه امام صادق علیه السلام در پاسخ این سؤال كه وجه حكمت غیبت حضرت قائم (عج) چیست؟ فرمود: «وجه حكمت غیبت آن حضرت همان وجه حكمت غیبت های سایر حجت های خدا قبل از اوست.» (علل الشرایع، ص 246)
و در حدیث دیگری آمده است كه امام صادق علیه السلام به حنان بن سدیر فرمود: «مشیت خدا بر این استقرار یافته كه سنت های پیامبران پیشین علیهم السلام را در مورد غیبت قائم ما جاری سازد، پس حاصل جمع مدت غیبت های آنان درباره او واقع خواهد شد.» (علل الشرایع، ص 245)
بنابراین می توان نتیجه گرفت که مسئله غیبت در تاریخ امت های پیشین هم وجود داشته است ولی هر کدام با دیگری متفاوت بوده است.
در قائم آل محمد پنج شباهت از پنج پیامبر موجود است:
1. شباهت به یونس علیه السلام و آن عبارت است از بازگشت به سوی قوم خود پس از غیبت از آنان، به گونه ای كه وقتی از میان آنان رفت جوان بود، و وقتی بازگشت پیر شده بود.

2. شباهت به یوسف علیه السلام كه عبارت است از غیبت از قوم و خویشاوندان و دشوار شدن امر غیبت وی بر پدرش یعقوب علیه السلام .
3. شباهت با موسی علیه السلام در خفای ولادت، و غیبت از شیعیان و پیروانش، و آزارهایی كه از دشمنانشان دیدند، تا این كه بازگشت و خداوند او را بر فرعونیان پیروز ساخت.
4. شباهت با عیسی علیه السلام در این كه در مورد زنده بودن او اختلاف نمودند، برخی گفتند: زنده است، و برخی گمان كردند كه او مرده است.
5. شباهت با جدش رسول اكرم صلّی الله علیه و آله كه با شمشیر قیام خواهد كرد و دشمنان خدا و رسول خدا را نابود خواهد ساخت. (بحار الانوار، ج 51، ص 218 217)
نیز درباره غیبت صالح علیه السلام از امام صادق علیه السلام روایت شده كه فرمود: او مدتی طولانی غایب بود. و هنگامی كه بازگشت قیافه اش كاملاً تغییر كرده بود، و مردم در مورد او سه دسته شده بودند، عده ای او را تصدیق كردند، عده ای او را تكذیب نمودند، و گروهی نیز دچار شك و تردید شدند.
هم چنین از آن حضرت پرسیده شد: آیا در دوران غیبت صالح علیه السلام عالم و دانشمندی در میان قوم او بود تا آنان را راهنمایی كند؟ امام علیه السلام پاسخ داد: خدا عادل تر از آن است كه زمین را بدون عالمی كه مردم را به خدا دعوت نماید، باقی گذارد. (بحار الانوار ، ص 216 215)